结果文件解读
分析完成后，系统生成以下文件：
1. MAG.*.xml
这是生成的基因组尺度代谢模型文件，采用SBML格式, 可使用记事本打开查看。SBML是一种标准的XML格式，用于表示系统生物学模型，可以被多种生物信息学软件读取和分析。该文件包含以下关键部分：
- 模型信息：模型的元数据，如模型名称、创建时间等
- 区室列表：定义模型中涉及的细胞区室（如胞质C_c、周质空间C_p等）
- 物种列表：定义模型中的代谢物（物种），每个代谢物包含ID、名称和所在区室
- 反应列表：定义模型中的代谢反应，包括反应方程式、可逆性、动力学参数（如果适用）
- 约束列表：定义模型的约束条件，如反应通量上下限
以下是一个简化的SBML文件结构示例：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level3/version1/core" level="3" version="1">
<model id="MAG_T21_45" name="MAG.*">
<listOfCompartments>
<compartment id="C_c" name="cytosol"/>
<compartment id="C_p" name="periplasm"/>
</listOfCompartments>
<listOfSpecies>
<species id="M_10fthf_c" name="10-Formyltetrahydrofolate" compartment="C_c"/>
<species id="M_h2o_c" name="Water" compartment="C_c"/>
</listOfSpecies>
<listOfReactions>
<reaction id="R_AICART" name="Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase" reversible="true">
<listOfReactants>
<speciesReference species="M_10fthf_c" stoichiometry="1"/>
</listOfReactants>
<listOfProducts>
<speciesReference species="M_fprica_c" stoichiometry="1"/>
</listOfProducts>
</reaction>
</listOfReactions>
</model>
</sbml>
关键元素解读：
| 元素 | 描述 | 科研意义 |
|---|---|---|
| <species> | 定义代谢物，包含id、name和compartment属性 | 识别关键代谢物及其细胞定位 |
| <reaction> | 定义代谢反应，包含id、name和reversible属性 | 分析代谢途径和反应网络 |
| <speciesReference> | 定义反应中的底物或产物，包含species和stoichiometry属性 | 理解反应平衡和计量关系 |
| <compartment> | 定义细胞区室，包含id和name属性 | 研究代谢物的区室化分布 |
2. MAG.*_network.svg
静态代谢网络图，以SVG矢量格式呈现：
解读要点：
- 节点：代表代谢物，颜色表示其所在区室
- 边：代表代谢反应，箭头方向表示反应方向
- 连接度：节点大小反映其连接度(degree)，即连接的边数
- 布局：同心圆布局，内圈为胞质(C_c)，外圈为周质空间(C_p)和细胞外环境(C_e)
3. MAG.*_network_interactive.html
交互式代谢网络图，使用Plotly库实现：
- 支持缩放、平移等交互操作
- 鼠标悬停在节点或边上可显示详细信息
- 可通过按钮切换标签显示/隐藏
4. MAG.*_nodes.xls
代谢物节点信息表，包含以下列：
| 列名 | 描述 | 示例 |
|---|---|---|
| id | 代谢物唯一标识符; 可能来自于 BiGG数据库 | M_10fthf_c |
| name | 代谢物名称 | 10-Formyltetrahydrofolate |
| compartment | 所在区室 | C_c |
| degree | 连接度 | 12 |
示例数据：
id name compartment degree 0 M_10fthf_c 10-Formyltetrahydrofolate C_c 12 1 M_12dgr140_c 1,2-Diacyl-sn-glycerol (ditetradecanoyl, n-C14:0) C_c 4 2 M_12dgr140_p 1,2-Diacyl-sn-glycerol (ditetradecanoyl, n-C14:0) C_p 3 3 M_12dgr160_c 1,2-Diacyl-sn-glycerol (dihexadecanoyl, n-C16:0) C_c 6 4 M_12dgr160_p 1,2-Diacyl-sn-glycerol (dihexadecanoyl, n-C16:0) C_p 3
5. MAG.*_edges.xls
代谢反应边信息表，包含以下列：
| 列名 | 描述 | 示例 |
|---|---|---|
| source | 反应物代谢物ID | M_10fthf_c |
| target | 产物代谢物ID | M_fprica_c |
| reaction | 反应ID | R_AICART |
| reaction_name | 反应名称 | Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase |
| reversible | 是否可逆反应 | True |
示例数据：
source target reaction reaction_name reversible 0 M_10fthf_c M_fprica_c R_AICART Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase True 1 M_10fthf_c M_thf_c R_GARFT Phosphoribosylglycinamide formyltransferase True 2 M_10fthf_c M_fgam_c R_GARFT Phosphoribosylglycinamide formyltransferase True 3 M_10fthf_c M_h_c Growth Biomass reaction False 4 M_10fthf_c M_adp_c Growth Biomass reaction False