DiTing简介

DiTing是一个根据宏组学测序数据推断和比较生物地球化学通路的工具软件。 该工具基于KEGG数据库及手动创建的DMSP循环基因数据库，开发了包括碳、氮、磷、硫循环 近100种生物地球化学通路的特定公式来计算各通路的相对丰度。利用DiTing进行分析， 可从环境组学数据中获得有关微生物驱动的生物地球化学循环的丰富信息。

DiTing详细信息参见https://github.com/xuechunxu/DiTing(官方介绍)

DiTing各通路丰度计算公式参见https://github.com/xuechunxu/DiTing/blob/master/table/Pathway_formulas.xlsx(官方提供公式)

结果解读

结果文件夹
├── carbon_cycle_sketch.png   [碳循环通路图]
├── C_genes.xls               [碳循环基因(KO)丰度表]
├── C_pathway.xls             [碳循环通路丰度表]
├── DMSP_cycle_sketch.png     [DMSP循环通路图]
├── N_genes.xls               [氮循环基因(KO)丰度表]
├── nitrogen_cycle_sketch.png [氮循环通路图]
├── N_pathway.xls             [氮循环通路丰度表]
├── P_genes.xls               [磷循环基因(KO)丰度表]
├── P_pathway.xls             [磷循环通路丰度表]
├── S_genes.xls               [硫循环基因(KO)丰度表]
├── S_pathway.xls             [硫循环通路丰度表]
└── sulfur_cycle_sketch.png   [硫循环通路图]

注意作者没有给磷循环画通路图

以下为循环通路图举例:

循环通路图

1. 箭头: 化学反应通路
2. 箭头方向：由底物到产物的化学反应方向
3. 箭头颜色：不同颜色代表不同通路，通路名称可通过 查阅底物和产物的英文名，对照通路丰度表得知。 通路丰度表中的通路名，都标注了底物和产物的英文名。
4. 双向箭头: 化学反应通路可逆
5. 虚线箭头: 暂无相关基因(KO)信息, 因而没有该通路的丰度, 也不画饼图
6. 未画饼图的箭头, 代表样本中未检测到该通路相关基因(KO)