DiffDock分子对接帮助文档

工具简介

DiffDock是基于扩散模型的分子对接工具，可预测配体（小分子/多肽）与蛋白质的结合构象。核心算法通过几何扩散过程实现高精度对接预测。

结果文件解读

结果文件夹——SDF、mol2输入
├── complex_0/                 		[对接构象集合]
│   ├── rank1.sdf             		[Top1对接构象]
│   └── rank{排名}_confidence{置信度}.sdf   [对接置信度]
└── diffdock_viewer.html       		[3D可视化结果]

结果文件夹——smi输入
├──molecular_name1
│	├── complex_0/                			[对接构象集合]
│	│	├── rank1.sdf             			[Top1对接构象]
│	│ 	└── rank{排名}_confidence{置信度}.sdf    	[对接置信度]
│	├── diffdock_viewer.html      			[3D可视化结果]
│	└── temp.smi         				[当前分子的结构式]
├──molecular_name2
└── ……
每个文件命名格式为： rank{排名}_confidence{置信度}.sdf

文献引用

输入文件要求

文件格式说明 (可直接使用记事本打开)

文件类型 说明 示例
PDB文件 蛋白质三维结构文件，需包含原子坐标和链信息 
ATOM    1  N   MET A   1     -12.221  25.927  10.919
SDF文件 配体分子结构文件，包含原子连接信息 
RDKit          3D
 
 12 12  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0
SMI文件 SMILES字符串文本文件（可多行） C1=CC=CC=C1 苯环
mol2文件 Tripos分子结构文件，包含原子坐标、键连接、电荷及分子力场参数 
		@MOLECULE
benzene
12 12
SMALL
NO_CHARGES
@ATOM
1 C1 1.213 -0.702 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.0000
2 C2 0.000 -1.404 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.0000
3 C3 -1.213 -0.702 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.0000

使用注意事项

文件准备要求

常见错误处理

计算流程

  1. 输入文件预处理（PDB修复/SMILES验证）
  2. 基于扩散模型的构象采样
  3. 置信度排序（pLDDT评分），关于pLDDT评分具体可参考Alphafold发布的内容：
  4. 生成可交互的3D可视化结果

结果可视化说明

可视化加载异常处理：

可视化说明：